Parte de los abonos utilizados en los cultivos cercanos al Mar Menor terminan por distintas vías en la laguna, lo que provoca la eutrofización de sus aguas y desemboca en la falta de oxígeno en el agua. Desde hace años este ecosistema está en peligro constante, produciéndose cada vez más a menudo crisis anóxicas y mortandades masivas de peces y todo tipo de invertebrados marinos.
El Mar Menor es una de las mayores lagunas litorales del Mediterráneo y ocupa unas 13 500 hectáreas de la costa de la Región de Murcia. Hasta hace apenas un lustro se caracterizaba por unas aguas hipersalinas y cristalinas que le diferenciaban de otras muchas lagunas litorales europeas de aguas turbias y salobres. Esa transparencia era fruto de unas aguas oligotróficas (escasez de nutrientes) y permitía la existencia de una laguna controlada por el fitobentos (las comunidades de plantas ancladas en el sedimento lagunar) al llegar la luz al fondo sin problemas.
Antes de la crisis actual, el Mar Menor había sufrido la presión de la minería de metales, con vertidos masivos al principio y drenaje de las estructuras mineras residuales después, y la de la actividad urbanística y sus infraestructuras turísticas asociadas (urbanizaciones, playas artificiales y puertos deportivos). Estos factores alteraron la laguna, pero su funcionamiento básico no cambió sustancialmente.
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